Celem Stowarzyszenia jest prowadzenie działalności naukowej, naukowo technicznej, oświatowej, kulturalnej, polegającej odpowiednio na:
a) zrzeszaniu i integracji polskiej społeczności o poglądach racjonalistycznych w związek zdolny do podejmowania działań na rzecz społecznego upowszechniania i umacniania samodzielnego i krytycznego myślenia, rozumowego i naukowego poznawania i wyjaśniania otaczającego świata;
b) rozwijaniu i krzewieniu światopoglądu opartego na wiedzy naukowej, rozumie, doświadczeniu, oraz etyce świeckiej i humanistycznej;
c) rozwijaniu postaw tolerancyjnych, zwalczaniu uprzedzeń i wspieraniu idei społeczeństwa otwartego;
d) przeciwdziałaniu szerzeniu się szkodliwych stereotypów wpływających na ograniczenie indywidualnego rozwoju człowieka oraz działaniu na rzecz realizacji wolności jednostki w ramach obowiązującego prawa;
e) popularyzacji nauki i metody naukowej; obrony wizerunku nauki w społeczeństwie przed współczesnymi próbami dyskredytacji i deformowania oraz akomodacjonizmem; propagowaniu społecznego znaczenia nauki oraz działaniu na
rzecz jej dowartościowania jako priorytetu publicznego;
f) działaniu na rzecz ateizmu oraz rozwoju społeczeństwa wiedzy (informacyjnego);
g) działaniu na rzecz wyeliminowania wpływu irracjonalnych ideologii na ustawodawstwo państwowe, rozwój nauki, działalność artystyczną i obyczajowość;
h) działaniu na rzecz umocnienia neutralności światopoglądowej Państwa;
i) obronie interesów członków Stowarzyszenia, w ramach posiadanych możliwości, przed presją ideologiczną, polityczną i społeczną ograniczającą swobodę myślenia, działania, rozwój nauki, kultury, sztuki; wspieraniu i obronie praw osób dyskryminowanych, pośrednio lub bezpośrednio, w szczególności na tle światopoglądu, orientacji seksualnej, narodowości, rasy, pochodzenia etnicznego oraz płci, a także pomoc w realizacji własnych praw;
j) propagowaniu postaw twórczych, aktywnych, zaangażowania społecznego i obywatelskiego; działalności na rzecz rozwoju i realizacji zainteresowań, wiedzy i horyzontów umysłowych swych członków.